La Junta de Andalucía, a tenor del artículo 64 de su Estatuto de Autonomía, asume las competencias en materia de puertos que no tengan la calificación legal de interés general del Estado, así como los Centros de transporte, logística y distribución localizados en Andalucía.
La Agencia Pública de Puertos de Andalucía es una entidad de derecho público adscrita a la Consejería de Fomento y Vivienda, competente para el desarrollo y aplicación de la política portuaria y la relativa a las áreas de transporte de mercancías del Gobierno de la Junta de Andalucía.
Fue inicialmente creada como Empresa Pública de Puertos de Andalucía por la disposición adicional décima de la Ley 3/1991, de 28 de Diciembre, del Presupuesto de la Comunidad Autónoma de Andalucía para 1992, y constituida mediante el Decreto 126/1992 de 14 de julio del Consejo de Gobierno, con competencias el sistema portuario de Andalucía.
