La Autoridad Portuaria de Motril nace el 1 de Octubre de 2.005, mediante la concesión de la autonomía de gestión al propio puerto, formalizada por el Real Decreto 940/2005, de 1 de agosto, de segregación de la Autoridad Portuaria de Almería-Motril y de creación de las Autoridades Portuarias de Almería y de Motril.
Con anterioridad, Motril estaba gestionado, primero, por el organismo autónomo Comisión Administrativa de Grupos de Puertos, hasta que en 1992 se integró en la Autoridad Portuaria de Almería-Motril. Desde entonces ha experimentado una transformación no sólo en cuanto a su fisonomía más externa, sino sobre todo en el notable desarrollo de su actividad.
El desarrollo del Puerto de Motril se basa, en primer lugar, en la nueva dársena, que permitirá operar con barcos de un calado mayor y por tanto con mayor capacidad de carga. En segundo lugar, la mejora de las comunicaciones terrestres, se está convirtiendo ya en un elemento dinamizador muy importante.
Por último, la importante oferta actual y futura de suelo industrial, convierten al Puerto de Motril en un puerto con grandes posibilidades de crecimiento.
