El Puerto de Motril ha renovado sus certificados de calidad y medio ambiente (normas ISO 9001 y 14001), después de la autoría externa que en los últimos días ha estado evaluando el sistema integrado y sus procedimientos. Unos certificados que se otorgan por tres años si bien hay revisiones periódicas de mantenimiento que comprueban que servicios como concesiones y autorizaciones administrativas, entre otros, se ajustan a los reglamentos internos de la Autoridad Portuaria.
Cuando una empresa consigue una certificación está demostrando, a través de un documento expedido por una institución reconocida, que cumple con una serie de normativas en sus procesos de logística, higiene, recursos humanos, compromiso con el medio ambiente y gestión de servicios, entre otras. La Autoridad Portuaria de Motril, desde 2005 y antes cuando estaba integrada en Almería, viene renovando con nota sus certificados de calidad y medio ambiente.