La Junta de Andalucía, a través de la Consejería de Cultura y Patrimonio Histórico ha incluido el Fuerte de Isla Verde en el Catálogo General de Patrimonio Histórico Andaluz, como consecuencia de la solicitud realizada en su día por la Autoridad Portuaria de la Bahía de Algeciras.
Este monumento, situado en el interior de las instalaciones portuarias, está considerado Bien de Interés Cultural (BIC) y está siendo objeto de una restauración integral por parte del puerto para poner en valor el recinto fortificado de la antigua Isla Verde.
La institución portuaria trabaja en la segunda fase del proyecto de recuperación, para lo que cuenta con el correspondiente Proyecto de Intervención Arqueológica, así como la supervisión de la Consejería de Cultura a través de la Delegación Territorial. Además, cuenta con la financiación del programa 1’5 % Cultural, el sistema de ayuda del Ministerio de Transportes para la conservación del Patrimonio Histórico Español, que asume el coste total del proyecto.
La labor de recuperación del Fuerte de Isla Verde ha desvelado importantes hallazgos históricos como el pozo de agua dulce de Umm Hakim, anterior al siglo XII y que estuvo operativo hasta primeros del siglo XX, un enterramiento posiblemente cristiano de época medieval y numerosos restos de cerámica de la época del Alto Imperio romano. El grueso de los trabajos de esta segunda fase, no obstante, se centran en la recuperación de la totalidad del perímetro amurallado y sus elementos defensivos, como eran las distintas baterías y los muros aspillerados del tambor que protegía la entrada.
En cuanto a los trabajos de restauración, la APBA trabaja también en la puesta en valor de los dos búnkeres ubicados en la muralla del fuerte.