Puertos del Estado ha negociado, como organismo intermedio de las ayudas europeas, con el Ministerio de Hacienda el cierre de los programas operativos relativos al marco comunitario 2007-2013. Como resultado de dicha negociación se ha aprobado una reasignación financiera por importe de 68.275.406 euros procedentes de los programas operativos FEDER regionales de Andalucía (36,7 millones €), Canarias (0,2 millones €), Melilla (0,3 millones €) y Murcia (4,9 millones €) y de los programas nacionales Fondo de Cohesión (25,5 millones €) y FEDER-Fondo Tecnológico (0,6 millones €), beneficiándose 12 Autoridades Portuarias (A Coruña, Almería, Avilés, Cartagena, Ferrol-San Cibrao, Huelva, Las Palmas, Marín-Ría de Pontevedra, Melilla, Motril, Vigo y Vilagarcía de Arousa).
Por todo lo anterior, los fondos comunitarios relativos al marco comunitario 2007-2013 han ascendido a 932 M€ repartidos entre 21 Autoridades Portuarias, permitiendo la cofinanciación de más de 200 proyectos con un volumen de inversión superior a 2.000 M€. La naturaleza de los proyectos financiados consiste en infraestructuras portuarias (obras de abrigo, edificios de terminales, accesos, urbanización de instalaciones portuarias, rampas en terminales, plataformas logísticas, servicios e instalaciones), así como actuaciones destinadas a promover la sostenibilidad, seguridad, eficiencia energética y respeto al medio ambiente, proyectos tecnológicos y asistencias técnicas.
El objetivo principal de las actuaciones ha sido el de promover la interoperabilidad entre los modos de transporte, y mejorar la eficiencia y competitividad en los puertos.