La crisis en el sector pesquero no sólo se ha producido en el puerto de Algeciras, donde la flota ha pasado de 300 a 30 barcos en sólo veinte años. En Andalucía, se han perdido más la mitad de los pescadores y así pesca sólo representa el 0,25% de los ocupados en la comunidad.
El 30 de noviembre de 1999 fue una fecha fatídica para el sector que vio cómo expiraba el acuerdo pesquero que la Unión Europea firmó en 1995 con Marruecos para que la flota pesquera comunitaria pudiera faenar en los caladeros alauitas, lo que obligó a más de 4.000 pescadores españoles a permanecer en tierra a la espera de la firma de un nuevo tratado.
Durante el tiempo en que duró la negociación para la renovación del acuerdo, muchos armadores decidieron desguazar sus barcos. Les salía más rentable que volver a la faena. Ahora, la Comisión Europea ha insistido en la necesidad de renovar el pacto con Marruecos, ya que el acuerdo actual expira en 2018. Un protocolo que ofrece licencias a 90 barcos españoles, sobre todo de Andalucía, Canarias y Galicia.
En la década de los 90, el puerto de Algeciras contaba con una flota artesanal compuesta por 300 barcos, a ellos se sumaban los barcos valencianos, gallegos, portugueses y del resto de Andalucía que acudían a su lonja a descargar sus capturas. La ruptura del acuerdo y su posterior negociación en otras condiciones muy diferentes al anterior, acabó destrozando esta actividad económica que llevó a un punto culminante cuando se anuncia el dramático cierre de la Cofradía de Pescadores de Algeciras, una de las más potentes hasta entonces de Andalucía y España.
Las constantes restricciones de capturas, el estado de los caladeros y la falta de apoyo determinó el levantamiento del acta de defunción de la pesca en esta ciudad, donde sólo una treintena de barcos sobreviven a duras penas.
De una descarga de 13.961 toneladas de pescado se ha pasado en sólo veinte años a 893 de los primeros diez meses de 2017.