El Parque Nacional de Cabrera, con una pareja por cada 1,7 kilómetros de costa, es la zona del Mediterráneo con mayor densidad de águilas pescadoras. En total, en la isla hay siete parejas.
En el Mediterráneo, aparte de en Baleares, esta especie solo se encuentra en la isla de Córcega, con una pareja cada tres kilómetros de costa (en total hay 25 parejas) y la costa Marroquí, con un par de águilas cada dos (20 parejas en declive).
El águila pescadora, tal y como ha informado la Conselleria de Medio Ambiente, Agricultura y Pesca, es el ave rapaz más escaso de España, con un total de 60 parejas en todo el territorio nacional.
Estas se distribuyen entres Andalucía, donde se crían en embalses fluviales; en Baleares, donde se localizan 22 pares, y en las Islas Canarias.
Cuando se declaró el Parque Nacional de Cabrera, nidificaba solamente una pareja. Las medidas de protección aplicadas, la tranquilidad de que disfrutan las águilas gracias al control de la navegación y de los visitantes, así como la riqueza en pescados de las aguas ha permitido un incremento de la población, según la Conselleria.
Cada año, técnicos de la Conselleria, agentes de medio ambiente y ornitólogos del GOB anillan y colocan emisores a las águilas jóvenes para el conocimiento sobre la especie.
Un factor clave en la evolución positiva de la población balear de la especie (que ha reocupado Ibiza, e incrementa sus efectivos en Mallorca cada año) ha sido la corrección de torres eléctricas donde se electrocutaba.
Como nota curiosa, la Conselleria ha destacado que su presencia en la costa de Palma es regular y se observan con mucha frecuencia desde Cala Gamba hasta el interior del puerto.